BioDivAct. Partout, par tous, pour tous

Florèn HUGON
Entrepreneure individuelle
Docteure en Physiologie et Biologie des Organismes
Conservation de la Biodiversité et Solutions fondées sur la Nature

Mise à jour prévue pour mars 2024 (Dernière actualisation juillet 2023)

Protocoles et analyses de données sur des suivis de papillons de jour

Avril - Décembre 2023

Commanditaire : Pierre-Yves Gourvil, Conservatoire des Espaces Naturels Nouvelle Aquitaine

Collaborateurs : Kévin Le Falher, Elézar Hamard Mulot

Dans le cadre du Plan National d'Action des papillons de jours, BioDivAct accompagne le CEN pour la mise en place de deux protocoles, l'un pour caractériser l'habitat de la Bacchante, l'autre pour suivre la population du Fadet des Laîches.

Pour la Bacchante (Lopinga achine), le protocole sera déployé sur deux sites, échantillonnés sous forme de placettes. Il permettra de collecter, au delà du nombre de papillons présents, des covariables d'échantillonnage et de site. Celles-ci seront intégrées dans la modélisation pour comprendre le rôle de l'habitat sur la répartition de l'espèce.

Pour le Fadet des Laîches (Coenonympha oedippus), les suivis seront réalisés sur les parcelles de plantation de Pin maritime, par les agents du CRPF. L'identification des facteurs expliquant la présence de l'espèce permettra d'émettre des recommandations pour le tracé des itinéraires sylvicoles.

Enfin, BioDivAct apportera son expertise lors de la rédaction du plan de gestion d'un site à enjeu Fadet des Laîches et Azuré des Mouillères (Phengaris alcon).

Conservatoire des Espaces Naturels Nouvelle Aquitaine
Centre Régional de la Propriété Forestière

Estimation des tendances des populations d'amphibiens et de reptiles

Octobre 2022 - Février 2024

Commanditaire : Audrey Trochet, Société Herpétologique de France

Collaborateurs : Aurélien Besnard, Guillelme Astruc, Soumaya Belghali, Kévin Liautaud

BioDivAct réalise l'analyse des données des suivis POP Amphibiens et POP Reptiles menés en France. Ces suivis protocolés et standardisés permettent d'estimer les tendances des populations de ces espèces protégées.

En partenariat avec Aurélien Besnard, un modèle bayésien d'occupation multi-espèces est construit. Il permet d'estimer la tendance de l'occupation des sites suivis pour les communautés d'amphibiens et de reptiles au niveau national. La hiérarchisation par le niveau communauté permet d'obtenir des estimations pour toutes les espèces, y compris celles pour lesquelles il y a peu d'observations. En effet, les tendances d'occupation par espèce sont estimées en bénéficiant de l'information de la communauté.

Le modèle estime la probabilité d'occupation des sites au cours du temps pour la communauté et chacune des espèces. La tendance de ces probabilités permet de statuer sur le déclin, l'expansion ou la stabilité des populations. Parmi les points d'amélioration du modèle, l'effet région pourrait être intégré afin d'obtenir aussi des tendances régionales.

Société Herpétologique de France
Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive

Modélisation de l'habitat des mammifères marins au Sanctuaire Agoa

Septembre 2022 - Juin 2023

Commanditaire : Jérôme Couvat, Sanctuaire Agoa

Collaborateurs : Auriane Virgili, Oihana Olhasque, Frank Dolique, Magali Combes, Laurine Polinice, Etienne Jeannesson, Olivia Ozier

BioDivAct et Jean-Paul Maalouf s'associent pour comprendre la répartition des mammifères marins au Sanctuaire Agoa, une aire marine protégée gérée par l'OFB dans les Caraïbes françaises. Nous mettons en oeuvre nos compétences complémentaires pour construire des modèles de répartition d'espèces à partir de données hétérogènes.

A partir des différentes sources de données, une base de données complète est construite. Selon plusieurs critères, les données pour la modélisation sont sélectionnées. Ainsi, la répartition de 7 espèces sera modélisée, celles les plus observées au Sanctuaire : la baleine à bosse (Megaptera novaeanglia), le grand cachalot (Physeter macrocephalus), le grand dauphin (Tursiops truncatus), le dauphin tacheté pantropical (Stenella attenuata), le globicéphale tropical (Globicephala macrorhyncus), le dauphin de Fraser (Lagenodelphis hosei) et la pseudorque (Pseudorca crassidens).

La modélisation est réalisée avec le package biomod2 sur R. Pour construire les modèles de répartition d'espèces, des données de pseudo-absences sont générées. Afin de prendre en compte l'hétérogénéité de l'échantillonnage, celles-ci sont informées par les données d'effort et de non détection. Les modèles d'ensemble sont construits à partir des meilleurs modèles individuels afin de produrie des résultats plus robustes. L'importance des variables, les liens statistiques entre les variables et la probabilité de présence ainsi que les projections de la répartition sont interprétés.

Suite à l'interprétation des résultats, des recommandations de gestion seront émises.

Le projet est suivi par un comité de pilotage : Auriane Virgili, ingénieure de recherche à l'observatoire Pelagis ; Oihana Olhasque, responsable de recherche à l'association Al Lark et Frank Dolique, professeur à l'Université des Antilles au laboratoire Boréa.

Une restitution du projet sera donnée le vendredi 30 juin 2023 à La Rochelle.

Sanctuaire Agoa
Office Français de la Biodiversité
Observatoire Pelagis
Association Al Lark
Laboratoire Biologie des Organismes et des Ecosystèmes Aquatiques

Mise en forme et contrôle qualité de données de comptages répliqués

Juillet - Août 2022

Commanditaire : Audrey Trochet, Société Herpétologique de France

Collaborateurs : Nicolas Gasco, Xavier Navarro

Afin de créer des bases de données mobilisables pour les analyses, BioDivAct a automatisé la mise en forme des données récoltées dans différents fichiers, variables selon leur structure et leur méthode de remplissage.

L'écriture d'un script en langage Visual Basic (VBA) sur Excel a permis de regrouper les données en une base commune. Les données de chaque variable ont été vérifiées selon les critères de qualité qui lui étaient propres. Un compte rendu de l'éxécution du script a permis de rendre compte des fichiers mis en forme et du traitement des anomalies détectées.

Afin de faciliter la mise en forme des données dans les années futures, des recommandations de remplissage des fichiers de données ont été émises. En collaboration avec Audrey Trochet, elles ont été transmises sous forme de manuel aux structures participantes.

Pour cette première prestation, BioDivAct a été accompagnée par Nicolas Gasco, développeur d'une interface en VBA pour les pêcheries et Xavier Navarro, maître de conférence en informatique.

Société Herpétologique de France
Laboratoire Biologie des Organismes et des Ecosystèmes Aquatiques
Laboratoire Informatique de l'Université de Pau et des Pays de l'Adour